La storia del Sacro Convento -

XIII - XIV secolo
Il giorno dopo la canonizzazione di san Francesco presieduta da Gregorio IX, il 17 luglio 1228 frate Elia diede inizio ai lavori della basilica e del relativo convento, che fu costruito per ospitare i frati impegnati nella cura liturgica e pastorale della tomba del santo. Una fonte quattrocentesca motiva il fatto che si chiamasse “Sacro Convento”, perché la struttura sarebbe stata consacrata insieme alla basilica superiore da Innocenzo IV nel 1253. In realtà l'uso dell'aggettivo “sacro” fu molto diffuso nel Medioevo per indicare la sacralità del luogo, stupisce ai più che sia rimasto inalterato fino ad oggi soltanto per il convento di Assisi. Il luogo era conosciuto dagli assisani come “colle dell’inferno”, per il fatto che vi furono erette le forche per l'impiccagione dei condannati a morte.
La primitiva struttura composta da tre ambienti, forse fu conclusa nel maggio del 1230 quando il corpo del santo fu trasportato nella chiesa da poco terminata. Il convento sorse sul retro nella zona nord della basilica, mentre per la parte inferiore si estendeva fino ad ovest ovvero all'attuale chiostro conosciuto come “Sisto IV”. Sopra il convento fu costruito il palazzo papale voluto da Innocenzo IV, i cui ambienti furono realizzati per ospitare il Pontefice e la sua curia per un lungo periodo. Nel 1282 fu edificato sul lato sud il refettorio detto "grande", con copertura in legno. A partire dal 1360 il complesso si sviluppò ad ovest con l'edificazione del Palazzo Albornoz, dal nome del cardinale Egidio Albornoz che finanziò la costruzione intorno all'incompiuto chiostro detto di San Geronzio, infine all’interno di questi lavori fu collocata l'infermeria del convento poi detta "antica".

XV - XIX secolo
Dal XV secolo in poi continuarono i lavori che diedero al Sacro Convento la configurazione odierna. Infatti nel 1441 al lato sud si ebbe la costruzione del nuovo refettorio e del dormitorio dei frati, mentre a conferire al convento l'aspetto definitivo fu l'intervento di Sisto IV (1471-1484) che curò il consolidamento di tutto l'edificio. Nel 1472 il Papa fece costruire due robusti bastioni angolari a sostegno dell'intera struttura sul lato a valle orientata verso S. Maria degli Angeli, dove fu collocato il mezzo busto del Pontefice. Nel 1474 provvide alla sistemazione della zona absidale della basilica con la realizzazione di un chiostro rinascimentale a due ordini, facendo costruire il loggiato superiore del chiostro detto di "Sisto IV", su disegno di Antonio da Como e Ambrogio Lombardo. Con molta probabilità fu di quel periodo la scelta di stabilire l'ingresso ufficiale del convento, quello che è rimasto fino ad oggi. L'ultimo grande intervento che definì la struttura nella sua forma attuale, fu nei primi anni del XVII secolo, ci riferiamo alla sopraelevazione del dormitorio quattrocentesco con un secondo piano per intervento di Filippo III re di Spagna. Terminati i lavori vi fu trasferito al primo piano il noviziato, detto per questo "nuovo".
Tra il 1745 e il 1748 fu restaurato il refettorio "grande" su progetto dell'architetto Giovanni Fontana, ora le capriate in legno furono sostituite da una volta a botte con delle lunette. Sulla parete ad ovest fu posta la tela raffigurante l’Ultima cena di Francesco Solimena datata 1717. Probabilmente sono di quel periodo i ventidue medaglioni ovali, appesi nelle cornici a stucco sulle due pareti longitudinali, con i ritratti dei pontefici da Onorio III fino a Clemente XIV benemeriti dell'Ordine e della basilica. Invece è del pittore assisano Dono Doni la realizzazione per il refettorio "d'inverno" de l'Ultima Cena datata 1573, mentre nel refettorio "grande" fu dipinto un grande crocifisso con lo sfondo Gerusalemme e Assisi con il Sacro Convento. Questa opera fu sostituita nel 1760 dalla scena della Conferma della Regola di Pietro Carattoli, ancora oggi visibile nel refettorio del convento.
La vita della comunità fu segnata dai tragici eventi della soppressione napoleonica, del saccheggio degli arredi sacri e delle argenterie della sacrestia della basilica a partire dal 1798 in poi.
Tuttavia l'evento che maggiormente segnò la vita della comunità fu la soppressione degli ordini religiosi seguita all'unità d'Italia. Il comune di Assisi lasciò 13 religiosi per il servizio alla chiesa, alloggiati in una piccola zona del convento al lato sud-est, mentre il resto del complesso dal 1875 in poi divenne sede del Convitto nazionale per gli orfani degli insegnanti elementari e di scuole pubbliche. Solo nel 1926, a conclusione delle celebrazioni per il VII centenario della nascita di San Francesco, grazie all'azione del Ministro generale fra Alfonso Orlini, il Sacro Convento fu restituito ai frati minori Conventuali che dovettero costruire nella parte alta della città di Assisi, il collegio convitto Principe di Napoli.

XX-XXI secolo
Nel 1929 dopo la restituzione all'Ordine del Sacro Convento, fu ristrutturato l'ampio salone detto "papale" all'ultimo piano del fabbricato, in realtà chiamato fino ad allora "Sala dei musici" perché vi si conservavano gli strumenti della Cappella musicale della basilica. Il lavoro fu curato dall'architetto Arnaldo Foschini per volere del Ministro generale fra Alfonso Orlini e dedicato a Pio XI, in occasione del cinquantesimo della sua ordinazione sacerdotale. Fu messo un pavimento in maiolica di Giuliano Aretini di Deruta, mentre la pittrice romana Maria Biseo realizzò la decorazione pittorica su programma iconografico di fra Bonaventura Marinangeli. Invece durante il rifacimento del pavimento del refettorio "grande" nel 1968 sotto la vecchia pavimentazione, fu rinvenuta la più antica collezione di ceramiche medievali umbre, in parte oggi esposta al Museo del Tesoro.
Gli anni del governo del Custode del Sacro Convento di Assisi fra Bonaventura Mansi (1937-1945), furono caratterizzati da due importanti avvenimenti storici. Il primo la proclamazione di San Francesco a patrono d’Italia (1939), l’altro la salvaguardia di Assisi dai bombardamenti durante la seconda guerra mondiale in sinergia con il Ministro generale dell’Ordine fra Beda Hess e l’appoggio del Vescovo locale Mons. Giuseppe Placido Nicolini. Il Mansi, interfacciandosi con le autorità civili e militari italiane, tedesche e alleate, riuscì ad ottenere il risultato che Assisi fosse dichiarata “città ospedaliera” e pertanto esente da azioni belliche. La conclusione del conflitto permise ai religiosi di poter riprendere la vita religiosa e proseguire nel loro servizio di testimonianza a servizio dei pellegrini e dei turisti che giungevano in città, attraversando i cambiamenti culturali, sociali e religiosi di questi ultimi anni.
L’Ordine dei frati minori Conventuali riconosce al Sacro Convento quel ruolo spirituale che dovuto al santuario dove riposa il corpo di San Francesco. All’animazione provvede tramite la Custodia generale del Sacro Convento di San Francesco istituita nel Capitolo generale del 1972, la cui particolare missione e organizzazione è definita dallo Statuto particolare previsto dalle Costituzioni dell’Ordine. Affidata alla particolare cura del Ministro generale, la Custodia si avvale della fattiva collaborazione di tutte le giurisdizioni dell'Ordine, in via ordinaria è retta dal Custode generale nominato dal governo centrale dell'Ordine. Con la promulgazione del motu proprio di Benedetto XVI Totius orbis del 9 novembre 2005, l'attività pastorale svolta nel Sacro Convento come quella in Basilica, è sottoposta all’approvazione del vescovo locale a norma del diritto.