Percorrendo la navata centrale della chiesa inferiore della Basilica si giunge al presbiterio che ha al centro il solenne altare papale. Consacrato nel 1253, l'altare è in stile gotico ed è situato proprio in corrispondenza della tomba di Francesco nella cripta sottostante.

Il presbiterio è coperto da una grande volta a crociera, affrescata con le Allegorie francescane di Giotto e della sua bottega (1334 circa). Vi sono raffigurati San Francesco in gloria e l'Allegoria dei tre voti: obbedienza, povertà e castità. Le figure allegoriche nei motivi decorativi dei costoloni sono tratte dall'Apocalisse e dall'Antico Testamento.

Nei prossimi mesi verrà avviato un intervento conservativo della volta, reso necessario da fenomeni di degrado cui i I dipinti delle vele del presbiterio sono soggetti. Tali fenomeni sono causati da vari fattori, da quelli sismici, data la vulnerabilità propria del sito, a quelli microclimatici, dovuti alla presenza costante di visitatori che stimolano la crescita di micro-organismi. L’ultimo intervento di restauro è stato effettuato ormai circa 50 anni fa.

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